El Studio Ghibli fue fundado en 1985 por la empresa Tokuma Shoten y Hayao Miyazaki. Tokuma, que fue el editor del manga Kaze no tani no Nausicaä (Nausicaä, del valle del viento), y posteriormente  artífice de la película homónima, dirigida por el propio Miyazaki, se decidio a crear un nuevo estudio con la finalidad de realizar la película Tenkuu no Shiro Rapyuta (Laputa: un castillo en el cielo). El estudio se llamaría Ghibli (viento cálido que sopla en el desierto del Sahara, usado para referirse a los aeroplanos exploradores italianos en la II Guerra Mundial) nombre que recibiría de Miyazaki (ferviente apasionado de los aviones). 

Durante sus 15 años de historia, el estudio ha mantenido su política de dejar a Miyazaki y Takahata el mando total sobre las producciones, visitando el señor Tokuma el estudio tan solo en contadas ocasiones. Al principio, el estudio no era mas que un apartamento alquilado en un barrio de Tokio y no disponían de trabajadores fijos, todos trabajaban temporalmente y después eran despedidos. Al estrenarse Laputa, el futuro del estudio pendía de un hilo, su lema era "haz una película, si tiene éxito haz otra, si esta es un fracaso abandona". Finalmente la película fue un relativo éxito y permitió al estudio seguir adelante. 

Después llegarían Hotaru no Haka (La tumba de las luciernagas) y Tonari no Totoro (Mi vecino Totoro), que fueron realizadas al mismo tiempo por Takahata y Miyazaki respectivamente. Su estreno simultaneo no estuvo exento de problemas y finalmente fueron estrenadas en 1988, no con el éxito esperado pero si con excelentes criticas hacia ambos films. El estudio se hizo famoso a lo largo y ancho del país gracias a la inesperada ayuda de un comerciante que convenció a Ghibli para vender peluches de Totoro. Dos años después de su estreno, Totoro en forma de peluche, hizo que el estudio pudiera pagar todas sus deudas. En agradecimiento adoptaron a Totoro como emblema del estudio.

Majo no Takkyuubin (El servicio de mensajeria de Kiki), estrenada en 1989 fue el primer gran exito del estudio llegando a ser la mas taquillera del año. A partir de entonces comenzó la segunda fase del Studio Ghibli. Se contrataron empleados fijos y se fundo la escuela de animadores. Su siguiente película, Omohide poroporo (Tan solo el ayer), estrenada en 1991, supuso otro gran éxito, repitiendo en el primer puesto de recaudación. A partir de entonces comenzaron las "superproducciones", invirtiendo altas cantidades de dinero en la realización y en publicidad. 

Antes de acabar Poroporo se comenzó a realizar Kurenai no Buta (Porco Rosso), en la que Miyazaki se ocuparía de la producción, dirección y asistencia técnica. Por aquel entonces las 90 trabajadores del estudio convivían en poco mas de 300 metros cuadrados y por ello Miyazaki decidió hacer un nuevo estudio. El problema económico se solvento gracias al señor Tokuma y el propio Miyazaki se ocupo de realizar los planos del estudio y elegir los materiales. Al cabo de un año, se inauguro el nuevo estudio y se estreno Porco Rosso siendo de nuevo, como no, numero uno en taquilla. Inmediatamente se trasladaron al nuevo y acogedor estudio convirtiéndose así en un estudio completo.

En 1993 se realizo una primera incursión a la televisión con Umi ga kikoeru (Puedo oír el Mar), dirigida por un joven realizador llamado Tomomitsu Mochizuki. La experiencia no les fue muy satisfactoria y dejaron aparcadas, por el momento, las producciones televisivas.

Heisei tanuki gassen Ponpoko (La guerra de los Tanuki durante el periodo Heisei) de Isao Takahata se estreno en los cines japoneses en 1994 siendo de nuevo la primera en taquilla y además abriendo el estudio a la inclusión de CG (gráficos computerizados) en sus producciones.

En 1995 se realizo Mimi wo Sumaseba (Si escuchas atentamente), dirigida por el tristemente fallecido Yoshifumi Kondo. La pelicula recaudo aun mas que las otras producciones elevando así el prestigio del estudio. En ese mismo año realizaron el encargo de un video musical para el grupo Chage and Aska llamado On your Mark, por el que se pago la "módica" cifra de 100.000.000 de yenes.

A finales del 95 se comenzó a realizar Mononoke Hime (La princesa Mononoke), la que seria la película mas cara de la historia de la animación llegando a los 2000 millones de yenes de presupuesto. El trabajo fue agotador pero el resultado valió la pena. Fue, y sigue siendo, la película mas taquillera de Japón (solo superada por Titanic) y no paro de cosechar premios. 

En plena producción de Mononoke hime las cuentas de Tokuma, y por lo tanto de Ghibli, no iban demasiado bien y se decidió vender los derechos de sus películas al extranjero. Pese a las malas experiencias del pasado y al vergonzoso trato que recibió Nausicaä, finalmente, y tras meditarlo largamente se decidieron a vender sus derechos a Disney, en detrimento de la Warner y de la Fox, para su exhibición en el resto del mundo.

Ghibli nunca busco el beneficio económico y prueba de ello es la política del estudio. en la que todos los beneficios se reinvierten en nuevos proyectos de aun mas calidad.

 Hoy por hoy el estudio es uno de los mas reputados del mundo y tiene una famosa escuela de animación en Koganei dirigida por Isao Takahata. Las películas de este estudio son muy queridas en Japón, tanto por niños como adultos, y constantemente baten los records de Disney recibiendo numerosos premios.